Apple'ın başı bu kezde Free Software Foundation ile derde girecekmiş gibi gözüküyor. Açık kaynak kodlu yazılımların en çok kullandığı lisanslardan biri olan GPL (GNU Public License) lisansının yaratıcıları olan Free Software Foundation geçtiğimiz gün iTunes Store hizmet sözleşmesinin GPL'e aykırı olduğunu ve iTunes Store'da dağıtılan GNU Go sürümü hakkında Apple'ı uyardıklarını açıkladı. Bu çekişmenin sonucu iTunes Store'da yer alan ve içeriğinde GPL lisanslı kod içeren birçok uygulamanın geleceğini tehlikeye atabilir.
Çekişmenin odak noktası kaynak kodlarının kullanımı değil uygulamaların nasıl dağıtıldıkları ile ilgili. GPL lisansına göre, bu lisansa sahip kodları kullanarak hazırlanmış uygulamalarda kaynak kodlarını GPL lisansı ile açmak zorundalar. Uygulamanın kendi sözleşmesi burada açık bir şekilde GPL lisanslı olduğunu ve istendiğinde kaynak kodunun paylaşılacağını belirtiyor. Ancak GPL lisansı aynı zamanda bu lisansa sahip olan uygulamaların serbestçe paylaşılabileceğini ve kopyalanabileceğini, yani uygulamanın nasıl dağıtalacağı ve yükleneceğine dair kısıtlama getirilemeyeceğini belirtiyor. Bilindiği gibi iPhone OS uygulamaları sadece iTunes Store üzerinden dağıtılabiliyor ve başka dağıtım kanalları uygulama geliştirici sözleşmesine ne yazarsa yazsın, iTunes Store hizmet sözleşmesinde bulunan bağlayıcı bir madde ile engelleniyor. Ayrıca uygulamanın nasıl kullanılacağı ile ilgili nihai şekil iTunes Store hizmet sözleşmesi ile belirleniyor, ki buda yine GPL lisansı ile uyuşmuyor.
Şimdilik sorun lisanlar arasındaki basit bir uyumsuzluk olarak gözüküyor. Ancak Apple hala konuyla ilgili bir açıklama yapmış değil ve uygulama dağıtımını ne kadar ciddiye aldığını ve konuyu ne kadar sıkı tuttuğunu önceden gördük. FSF, iTunes Store'da bulunan bütün GPL lisanslı programlar için konuşmuyor olsa da, olası bir anlaşmazlık halinde Apple, GPL lisanslı bütün uygulamaları iTunes Store'dan kaldırma yoluna gidebilir.