Fish Tycoon oyunun amacı çapraz çiftleştirme ve genetik bulmacayı çözerek 7 Sihirli balığı ortaya çıkarmaktır. Oyuna bir su kabı, biraz para ve az miktarda balık ile başlarsınız. Balıklarınızı yetiştirmeli, onlarla ilgilemeli, büyümelerine yardım etmeli ve hasta olurlarsa onları iyileştirmelisiniz.
Bu sabır ve emek isteyen uzun yolculukta ek besinler, ilaçlar, araştırma teknolojileri alabilir veya reklama yatırım yaparak oyunun amacı olan Sihirli Balığa ulaşma yolunda git gide nadirleşen türleri keşfedebilirsiniz. Egzotik kırma balık türlerini mağazanızda satarak tüm bunları finanse edebilirsiniz.
Oyun tamamen gerçek zamanlı bir şekilde çalışır; böylece eğer bilgisayarınızı kapatır oyundan çıkar ve birkaç saat sonra bilgisayarınızı açıp oyuna girerseniz küçük balıklarınızın büyüdüğü ve böylesi pek çok sürpriz ile karşılaşabilirsiniz. Oyun yerleşik bir ekran koruyucu ile birlikte gelir.